Как сказал руководитель УФСИН Якутии Сергей Иноземцев, "уголовно-исполнительная система является одной из важнейших социально-правовых институтов нашего государства". "Выбранный сегодня путь реформирования направлен на повышение эффективности работы учреждений и органов, исполняющих наказания, до уровня европейских стандартов. Совершенствование социальной и психологической работы в местах лишения свободы и развитие системы постпенитенциарной помощи, повышение гарантий соблюдения прав и законных интересов осужденных – вот главные задачи нашей системы", - подчеркнул он.

На данный момент пенитенциарная система Республики Саха (Якутия) – это сплоченный коллектив, возглавляемый полковником внутренней службы Сергеем Иноземцевым. В составе управления – 14 учреждений, в которых несут службу около 1 400 сотрудников и более 500 вольнонаемных работников. На территории республики расположено 7 колоний (в том числе, колония-поселение и лечебно-исправительное учреждение) и 2 следственных изолятора.

Точкой отсчета в истории якутской пенитенциарной системы можно назвать 1829 год, когда по распоряжению Иркутского гражданского губернатора был построен первый якутский тюремный замок, представлявший собой одноэтажное деревянное здание.

В конце 50-х годов XIX века были возведены дополнительные здания и строения. В главном корпусе находились: церковь, лазарет, арестантские помещения: одно общее, три мужских, одно женское и семь одиночных ка-мер. В феврале 1831 года здесь содержалось 12 колодников и 4 арестанта, а в 1858 году – уже 24 человека, из них трое пересыльных.

В окружных городах Вилюйске, Олекминске, Верхоянске, Колымске, Среднеколымске при полицейских управлениях имелись караульные дома.

В июле 1852 года был учрежден Якутский областной тюремный Комитет, который возглавил губернатор Григорьев. В этот год якутская пенитенциарная система получила юридический статус. В состав Комитета входили: архиепископ, судья, инспектор медицины, земской исправник, директор дома заключения, прокуроры города и области, купцы. Все участники вносили взносы от 10 до 25 рублей серебром.

В этом же году был назначен первый смотритель Якутского тюремного замка Рубцов, подчинявшийся городничему. Впоследствии, уже после того, как в августе 1855 года указанием Сената Попечительское общество о тюрьмах и его комитеты были переданы в ведение Министерства внутренних дел, должность смотрителя тюремного замка стала именоваться как начальник тюрьмы, что «давало еще больше самостоятельности в сфере тюремного управления» (из исторических документов).

При Советской власти, в 30-е годы, тюрьмы активно строились не только в Якутске (здание тюрьмы № 1 построено в 1937 году), но и в улусах: Вилюйске, Олекминске (на 130 мест), в Алдане (на 253 места).

В период Великой Отечественной войны многие лагерные отделения и колонии ГУЛАГа располагались на базе трестов «Джугджурзолото» и «Дальстрой», которые находились в поселках Югарёнок, Учур, Ынныкчан, Юр, Эльдикан, Эге-Хая, Хандыга и других. В работах исследователей отмечается, что в это время план по добыче золота, олова, слюды и каменного угля перевыполнялся.

Однако, считается, что именно в послевоенные годы был заложен фундамент современной уголовно-исполнительной системы республики, ведь в 60-е годы были основаны исправительные учреждения, которые функционируют и в настоящее время.

В августе 1998 года была осуществлена передача уголовно-исполнительной системы республики, как и других регионов Российской Федерации, в ведение Министерства юстиции. С этого времени пенитенциарная система является самостоятельной федеральной службой.